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值得注意的是,作者们在文章中提及,基于他们过于研究冠状病毒的经验,除了在动物宿主中发生演化外,早在2019年12月之前,病毒可能已经在在人群“隐秘传播”(cryptic spread)阶段发生了一些关键突变。

蝙蝠无疑是多种冠状病毒的重要宿主物种。尽管如此,蝙蝠在新冠病毒人畜共患病起源中的确切作用仍未确定。特别是,与新冠病毒关系最密切的蝙蝠病毒是从距离武汉1500多公里的云南省的动物身上取样获得。而来自湖北省的蝙蝠冠状病毒相对较少,其中已经测序的一些病毒与新冠病毒在系统发育树中位置相对较远。

另一个备受关注的问题是,新冠病毒是否是重组病毒,这种重组是否可能促进了其出现。例如,有证据表明新冠病毒、RaTG13和广东穿山甲之间存在重组,而RmYN02的基因组也同样受到重组的广泛影响。

作者们写道:由此得出的简单推论是,我们对蝙蝠病毒采样的时候对某些地理位置有强烈的偏见。这需要在今后的研究中加以纠正。

新冠病毒或有过一段在人群中的“隐秘传播”阶段

张永振、霍尔姆斯此次在《细胞》的这篇评论文章中,将他们对这场新疫情致病病原体的鉴定,这种新冠状病毒和其他冠状病毒的比较,以及这种人畜共患病何时在人群中悄然出现等问题,均进行了描述和分析。

张永振等人还讨论新冠病毒目前的基因演化。新冠病毒是一种RNA病毒,相对容易发生突变,很明显病毒基因组未来会出现更多的突变,这也会帮助追踪新冠病毒的传播。“然而,随着疫情的增长,我们的序列样本量相对于病例总数可能会非常小,以至于很难追踪明确的人际传播链。”

该照片由Edward C. Holmes提供,拍摄于2014年10月,当时两位作者一起参观了市场。

一种新的病毒出现:为何传播更快?

上述推测结论来自两位病毒学专家:澳大利亚悉尼大学玛丽·巴希尔传染病和生物安全研究所的爱德华·霍尔姆斯(Edward C. Holmes)教授,以及中国疾控中心(CDC)传染病预防控制所研究员、复旦大学附属上海市公共卫生临床中心兼职教授张永振。当地时间3月26日,这两位“老搭档”联合在顶级学术期刊《细胞》(CELL)上发表了一篇评论“A Genomic Perspective on the Origin and Emergence of SARS-CoV-2”。